En la segunda mitad de su mandato, el crecimiento económico, la firma de tratados de libre comercio con Estados Unidos, China y la Unión Europea, entre otros, y los importantes avances en infraestructura, permitieron un importante repunte en su popularidad. En 2005, Lagos logró un acuerdo para la reforma de la Constitución Política chilena que data de 1980. Entre los puntos polémicos de su gobierno está la respuesta dada por el Estado chileno a las reivindicaciones territoriales y de autodeterminación de los pueblos indígenas mapuches, su actuación en problemas de índole ambiental, la preparación de ciertas reformas que se implementaron en el gobierno siguiente de Michelle Bachelet como el Transantiago, y la instauración del Crédito con Aval del Estado (CAE).