Ha tenido un papel importante en la Casa Blanca, en 2001 lo nombran Director de Asuntos del Golfo en el Consejo de Seguridad Nacional. Después del atentado del 11 de septiembre salió con un grupo de diplomáticos para un nuevo gobierno de Afganistán. En 2003 Philip Mudd llegó al FBI para formar parte del Departamento de Seguridad Nacional. En poco tiempo fue promovido por el director del FBI Robert Mueller, como subdirector. En 2010 se retiró del servicio al gobierno de Estados Unidos. Ha sido galardonado por el Premio del Director; El Premio George H.W. Bush por excelencia en la lucha contra el terrorismo; la Medalla de Inteligencia Distinguida.de la CIA. El Premio William Langer por excelencia en el análisis.

Durante su trayectoria en la CIA y el FBI dio entrevistas sobre el terrorismo para medios como ABC, NBC, Fox, BBC, al-Jazeera, The New York Times, el Washington Post, entre otros. Ha escrito para Newsweek, el Wall Street Journal, el Washington Post, The Daily Beast y Sentinel, el diario del Centro de Terrorismo de Combate de la Academia Militar de los Estados Unidos.